Батаковић је рођен у Београду, где је завршио студије историје на Филозофском факултету 1982. и магистрирао 1998, а докторирао је 1996. године на Сорбони у Паризу.
У Историјском институту радио је од 1983. до 1992. године, када прелази у Балканолошки институт САНУ. Био је члан уредништва Књижевне речи (1985 — 1989), Задужбине (1990 — 1994) и Књижевних новина (1991 — 1998).
Од априла 1998. на Филозофском факултету у Београду предаје Увод у историјске студије и Општу историју новог века. После мандата амбасадора у Грчкој (2001—2005), Батаковић је у јулу 2005. именован за саветника председника Србије.
У октобру 2005. године изабран је за директора Балканолошког института САНУ, а на тој функцији је поново од фебруара 2013.
Био је члан Државног преговарачког тима о будућем статусу Косова и Метохије од новембра 2005. до јула 2007. године, када је именован за амбасадора Србије у Канади.
У јануару 2009. године постављен је за амбасадора Србије у Француској, и на тој функцији је био до 2012.
Батаковић је био и шеф делегације Србије при Међународном суду правде у Хагу од 2009-2011. године.
