Круз и његова трећа супруга Кејти Холмс развели су се 2012. године, након шест година брака. Глумац је последњи пут виђен у кћеркином друштву 2013. године.
Глумац је посвећен Сајентолошкој цркви дужи низ година. У њој је упознао и своју прву супругу Мими Роyерс, а од које се развео 1990. године. Након тога у брачне воде је упливао са Никол Кидман.
Њих двоје су усвојили двоје деце, сина Конора и кћерку Изабелу. Кидманова и Круз су се разишли 2001., а деца су остала код њега, наставивши да расту у духу Сајентолошке цркве.
